Hola Rafa!
Que notes que te cuesta llegar a las pulsaciones es debido a una adaptación del entrenamiento. Si realizas es volumen de clases como dices, es normal que estés entrenado y que con la continuidad de las clases, aunque notes carga a nivel muscular estés adaptado a nivel cardiaco. Así mismo, cuando dejas de hacerlo y vuelves, esa adaptación que se coge rápido también se ha perdido rápido por eso se te suben las pulsaciones. No obstante notarás que al cabo de unos días de entrenamiento todo vuelve a la normalidad. Lo importante es que busques los objetivos teniendo en cuenta el momento en el que estás.
En relación a tu pregunta sobre el entrenamiento de ciclismo de carretera hay que darse cuenta que el ciclo indoor se diferencia del ciclismo por la ausencia de factores que van a dificultar tu entrenamiento en carretera como la pendiente o la fuerza de rozamiento. En 45 minutos lo que puedes hacer es mejorar tu base aeróbica, puedes también realizar clases de potencia aeróbica que mejorarán tu fuerza, pero el cualquier caso, desde aquí te aconsejamos que combines las clases de ciclo con las propias salidas de carretera, ya que eso hará que lo que ganes en indoor lo potencies fuera.